ÁCIDOS NUCLEICOS

RESUMEN DE LA PRIMERA CLASE DE ÁCIDOS NUCLEICOS

1 los ácidos nucleicos poseen las propiedad de portar información, una condición que no posee ninguna otra molécula.

2 la información que portan los ácidos nucleicos se va a expresar en forma de proteínas mediante la construcción de cadenas poli-peptídicas.

3 debemos saber cómo las estructuras de los ácidos nucleicos pueden contener la información que necesita el organismo y también como se sintetizan y degradan estas moléculas.

4 contenido :

-ácidos nucleicos estructura y propiedades

-organización del ADN; genes: la unidad de información que llevan los Ac. Nucleicos se denominan genes. Por ello el Ac. Nucleico se organiza de una manera especial.

-metabolismo de los ácidos nucleicos: catabolismo y anabolismo de estos compuestos. Los Ac. Nucleicos pueden tener dos orígenes distintos:

            Ac. Nucleicos endógenos: cuando metabolizamos nuestros propios Ac. Nucleicos

            Ac. Nucleicos exógenos: cuando estos compuestos provienen de la ingesta de alimentos 

-replicación del ADN: síntesis del ADN

5 existen dos tipos de Ac. Nucleicos:

-ácidos ribonucleico   

-ácido desoxirribonucleico

7 la molécula del ADN tiene dos hebras. Estas dos hebras de ADN están interactuando para constituir la molécula del ADN.

8 cada hebra de ADN está formada por varias unidades denominadas  nucleótidos que se enlazan por enlaces fosfodiéster.

9 sabemos que entre las hebras de ADN se dan interacciones de tipo no covalente. Las responsables de establecer estos enlaces de tipo no covalente son las bases nitrogenadas, estos enlaces son de tipo no covalente.

10 las bases nitrogenadas que encontraremos formando parte de las hebras de ADN son:

Adenina

Citosina

Timina

Guanina

11 la molecula de ARN tiene las siguientes bases nitrogenadas:

Adenina

Citosina

Uracilo

Guanina

12 otra característica del ARN es que esta esta solamente formada por una hebra de ácido nucleico.

13 la molécula del ARN tiene la capacidad de formar regiones de doble hélice pero de tipo molecular. Esto lo realiza formando pliegues de forma que se pueden formar regiones de doble cadena de ácido ribonucleico semejante a la molécula de ADN. En estas cadenas plegadas de Ac. Ribonucleico se forman también enlaces puentes de hidrogeno. Se diferencia del ADN en que no son dos hebras sino solamente una pero plegada. 

14 como ya dijimos los ácidos nucleicos están formados por unidades estructurales llamadas nucleótidos, lo cual quiere decir que estas moléculas de ácidos nucleicos son polímeros formados por muchos monómeros. Estos nucleótidos a su vez presentan en su estructura las siguientes partes:

-un azúcar pentosa, es decir formada por cinco carbonos. Para el caso de del ARN tenemos la ribosa y en el caso del ADN tenemos la desoxirribosa. La ribosa se diferencia de la desoxirribosa en presenta un grupo OH en el carbono dos mientras que en el carbono dos de la desoxirribosa se presenta solamente un hidrogeno.  Recordemos la importancia del carbono 1 prima que hace psible el enlace con la base nitrogenada y el carbono 3 prima y 5 prima muy importantes para los enlaces fosfodiester y para la replicación del ADN 

-en el carbono uno se presenta un enlace con una base nitrogenada, la cual puede ser de dos tipos: Púrica y pirimidica

en este caso los carbonos de las bases nitrogenadas forman anillos que pueden ser dobles o solamente de un anillo. Los carbonos de estos anillos se enumeran también con los números 1,2,3… recordemos que los carbonos del azúcar del nucleótido también se enumeran así pero en este caso los números van acompañados de un coma por lo cual serán 1 prima o dos prima etc.

-el grupo fosfato que se encuentra unido al azúcar ribosa o desoxirribosa por el carbono cinco prima.

15 las bases nitrogenadas pueden ser de tipo

Puricas: formada por dos anillos y son :

Adenina : posee un grupo amino

Guanina : posee un grupo ceto

Pirimidicas: formada por un anillo:

Timina: presenta dos grupos ceto

Citosina: presenta un grupo ceto y un grupo amino

Uracilo: presenta dos grupos ceto

16 la semejanza que se presenta entre el uracilo y la timina es muy marcada solamente se diferencian en que la timina presenta además de los dos grupos cetos y grupo metilo. Esta semejanza hace posible que las enzimas que regulan la replicación del ADN puedan cometer errores en ocasiones. Recordemos también que el uracilo solamente está presente en el ARN.

ESTUDIO DEL ADN

17 polímeros de desoxirribonucleicos unidos por enlaces fosfodiester. Compuestos de dos hebras anti-paralelas. Es el principal reservorio de la información biológica.

18 la molécula de ADN como ya sabemos está constituida por dos hebras de ácido desoxirribonucleico las cuales están dispuestas en forma anti-paralelas de manera que en una de las hebras podemos reconocer que el enlace con el grupo fosfato se encuentra en el carbono 5 prima y en sentido descendente podemos observar un enlace del grupo fosfato con el carbono tres prima. Este mismo grupo fosfato se encuentra unido al carbono cinco prima del azúcar inmediatamente inferior, formando un enlace fosfodiester. Esta secuencia sigue extendiéndose a través de toda la longitud de la cadena de nucleótidos. Al final de la cadena de ácido desoxirribonucleico el último nucleótido  no presenta en el azúcar el carbono tres prima enlace con el grupo fosfato de forma que la cadena empezó  con un enlace de un grupo fosfato con el carbono cinco prima y finalizo con un último enlace 5 prima pero el carbono tres prima de este azúcar en última posición que da libre. La otra cadena de ácido desoxirribonucleico está dispuesta de manera inversa. Es decir que de arriba hacia abajo en nuestro esquema empieza con un carbono tres prima libre de enlace en el azúcar del primer nucleótido y termina con un grupo fosfato unido al carbono cinco prima del azúcar del último nucleótido, de forma que su inicio es 3 prima y su final es cinco prima, lo contrario de la otra cadena. 

19 también ya dijimos que las cadenas de nucleótidos interactúan entre si mediante las bases nitrogenadas de los nucleótidos de manera que esta interacción le dará estabilidad a la molécula de ADN. Esta interacción química es de tipo no covalente y son los llamados puentes de hidrogeno.

20 observamos que entra las bases nitrogenadas timina y adenina existen dos puentes de hidrogeno mientras que entre la guanina y citosina existen dos tres puentes de hidrogeno.

21 la formación de los puentes de hidrógenos entre las bases nitrogenadas depende de los átomos presentes (hidrogeno y oxigeno o nitrógeno) y una distancia adecuada entre estos átomos para que la interacción sea posible.  

22 es evidente que la interacción entra la guanina y la citosina es más estable o fuerte que la interacción entre la adenina y la timina porque en el primer caso existen tres enlaces puentes de hidrogeno mientras que en el segundo caso solamente existen dos enlaces puentes de hidrogeno. Es decir mientras más enlaces puentes de hidrogeno hayan más estable y fuerte será el enlace.   

23 es muy importante saber que además de las interacciones puente de hidrogeno que existen entre las bases nitrogenadas de  la hebras homóloga de la molécula de ADN también se dan interacciones entre las bases nitrogenadas de la misma hebra de ácido desoxirribonucleico de manera que le dan mayor estabilidad a la molécula de ADN. Estas fuerzas de “apilamiento” que aparecen entre las bases nitrogenadas de los nucleótidos de una u la otra hebra con las bases nitrogenadas del par de nucleótidos por encima y por debajo de la molécula de ADN son muy importantes para darle mayor estabilidad a la molécula.

24 como es observable en el esquema las interacciones entre las bases nitrogenadas que son de naturaleza no covalente por medio de puentes de hidrogeno se encuentran en el interior de la molécula de manera que estas interacciones constituyen fuerzas internas que impiden que la molécula de ADN se separe en sus dos hebras constitutivas. Son fuerzas internas que mantienen la integridad del ADN

LA MOLECULA DEL ARN

25 es un polímero de ribonucleótidos formados por enlaces fosfodiester.  Presenta uracilo en vez de timina y grupo OH en vez solo de hidrogeno en el carbono 2 prima. Compuesto de una sola hebra. Puede formar regiones de doble hélice intra-molecular. Única molécula con funciones informacionales y catalíticas.

26 debemos poner mucho énfasis en que la molécula del ARN tiene como propiedad, a diferencia del ADN, de formar o romper enlaces. Esto quiere decir que las moléculas de ARN tienen propiedades enzimáticas de forma que puede ejercer funciones catalíticas sobre otras moléculas.

27 los enlaces que puede romper el ARN son los de tipo fosfodiester. Las moléculas de ARN con capacidad catalítica se denominan RIBOZIMAS

28 la capacidad catalítica del ARN se debe al grupo OH(carbono dos prima) que poseen los nucleótidos del ARN (azúcar pentosa ribosa).   

29 tipos de ARN en procariotas y eucariotas:

-ARN mensajero(mRNA)

-ARN de transferencia(tRNA)

-ARN ribosomal(rRNA)

-ARN pequeño nuclear(RNAsn)-un ejemplo de este es el ARN pequeño nucleolar.

-ARN de interferencia

30 se ha observado que el ARN pequeño nuclear tiene la propiedad catalítica por ello forma parte de las ribozimas.        

31 se ha observado que este ARN pequeño nuclear se une a proteínas formando las riboproteinas que tienen la capacidad de romper otras moléculas de ARN. El tipo de ARN que puede ser roto así es el ARN mensajero

32 sabemos que el ARN mensajero sufre muchos cambios en su estructura sobre todo en organismos eucarióticos. Estos cambios son llevados a cabo por ARN pequeño nuclear más proteínas.

33 el ARN de transferencia es un tipo de regulador de la expresión génica. Sabemos que no todos lo la información contenida en los genes debe ser expresada en forma de proteínas porque el organismo no lo requiere en un momento determinado. Es en este punto en que el ARN de interferencias hace su trabajo. Tambien sabemos que el ARN mensajero es una molécula intermediaria entre el ADN y la proteína de manera que el ARN mensajero debe traducirse para que se forme la proteína. Se dan casos en los que la proteína yo no es necesaria para el organismo en determinado momento a pesar de que el ARN ya está formado llevando una plantilla del ADN transcrito, en ese momento es necesaria la intervención del ARN de interferencia para evitar que el ARN mensajero se traduzca.

ARN MENSAJERO

34 sabemos que el intermediario de la información que se encuentra en el ADN es el ARN mensajero este se forma después de un proceso de traducción.

35 el ARN mensajero también tiene un extremo 5 prima y tres prima.

36 el ARN mensajero presenta un región denominada CAP (caperuza) que protege el extremo 5 prima de la molécula.

37 a continuación de CAP se encuentra una región denominada UTR 5 prima, una región que no se va a traducir. Ayuda a la estabilidad de la molécula. Ayuda al proceso de traducción.

38  después de UTR5 prima sigue una región denominada secuencia codificante con una posición de inicio y stop. Esta si es la secuencia de ARN que si se va a llevar información para la cadena poli-peptídica.  

39 seguidamente a la región de la secuencia codificante se encuentra la región denominada 3 prima UTR que tampoco se traduce en proteínas y sirve para brindar estabilidad al ARN y dentro de esta se encuentra una secuencia de nucleótidos que van a permitir la agregación de bases nitrogenadas de tipo adenina.

40 la secuencia que sigue esta formada caso exclusivamente por nucleótidos que contienen bases nitrogenadas de tipo adenina. Esta secuencia se denomina cola POLY A. esta parte del ARN es muy importante porque protege la integridad de la molecula debido a que en el medio intracelular se encuentran nucleasas que degradan precisamente este tipo de moléculas en condiciones necesarias. Por ello las moléculas de ARN deben permanecer protegidas mientras sea necesario.

41 sabemos que el proceso de transcripción se realiza en el núcleo de la célula y por lo tanto la formación de ARN se da en el núcleo. Sabemos también que el proceso de traducción se da en el citoplasma donde el ARN se traduce en las proteínas necesarias. Por ello entendemos que el ARN debe transportarse desde el núcleo al citoplasma. Es importante que el ARN esté debidamente estabilizado y protegido contra la acción de las nucleasas que existen en el medio intracelular para que el ARN pueda cumplir con su trabajo. La región CAP o caperuza y la cola POLY A están encargadas precisamente de proteger al ARN en su trayecto.   

42 en cuanto al ARN de transferencia diremos que este presenta una sola hebra de ARN como cualquiera de este tipo, pero que posee regiones intra-moleculares de doble hélice. Esto se debe a que la molécula de ARN de transferencia se pliega sobre si misma adoptando una forma muy característica en forma de trébol es decir con cuatro brazos o lux. La molécula de ARN presenta un extremo 5 prima( que en el esquema se aprecia más corto) y un extremo 3 prima( que en el espeque aparece más largo). Sabemos que este tipo de ARN tiene la función de transportar las moléculas de aminoácidos hacia el ribosoma, de manera que aminoácido se une al extremo 3 prima y es llevado al lugar donde se ensamblan las proteínas.    

43 por cada ARN de transferencia se va a transportar un aminoácido.

44 cada ARN de transferencia lleva un aminoácido en particular.

45 el primer aminoácido en incorporarse en la síntesis de proteínas en procariotas es la N-formil-metionina. En eucariotas el primer aminoácido que se incorpora en la cadena poli-peptídica es la metionina.

46 el ARN ribosomal se encuentra en el ribosoma donde se lleva a cabo la traducción del ARN. Este ARN ribosomal se encuentra asociado a proteínas, o mejor dicho a varias cadenas poli-peptídicas. Observamos que este tipo de ARN adopta formas caprichosas pero podemos reconocer en ellas un extremo 5 prima y un extremo 3 prima. A pesar de su complicada disposición sigue siendo una sola cadena de ARN. También encontramos regiones de uniones intra-moleculares de doble hélice.

PROPIEDADES FISICAS Y QUIMICAS DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS

47 los ácidos nucleicos poseen una gran estabilidad. Debida principalmente a las interacciones hidrofóbicas de apilamiento entre las bases dispuestas paralelamente.

48 también contribuye en la estabilidad de los ácidos nucleicos los puentes de hidrogeno que se forman entre las bases nitrogenadas aunque no es la principal causa sino la citada anteriormente.

49 los ácidos nucleicos tienen la propiedad de la denaturación y la renaturación de sus cadenas polinucleotidicas. Por ello decimos que el calentamiento destruye la doble hélice de los ácidos nucleicos. Por otro lado la renaturación ocurre a bajas temperaturas. Otra manera de decirlo es que por ejemplo el ADN tiene la capacidad de separar sus hebras así como también las regiones de uniones intra-moleculares del ARN pueden separarse. De la misma forma tienen la propiedad de volverse a juntar.

50 la denaturación es la separación de las cadenas poli-nucleotídicas del ADN o el ARN( interacciones intra-moleculares) por la ruptura de las interacciones no covalentes como los enlaces puente de hidrogeno por acción de una elevada temperatura. Observamos experimentalmente que a partir de 80º C las hebras  de ADN se empiezan a separar una de la otra en ciertas regiones solamente. A 95ºC podemos estar seguros de todas las moléculas de ADN se han denaturado completamente.

51 la temperatura a la que el 50% de las moléculas de ADN se han denaturado se le denomina TEMPERATURA MEDIA.

52 en cuanto a las propiedades espectroscópicas de los ácidos nucleicos: sabemos que los complejos coloreados tienen la propiedad de absorber luz y que esta propiedad puede servir para determinar su concentración. Sabemos también que los compuestos orgánicos como las proteínas por ejemplo no tienen color por lo cual necesitan ser “coloreados” con reactivos adecuados de manera que se logre formar por medio de reacciones complejos coloreados de máxima absorbancia  que puedan ser medidos. Debemos tener en cuenta que las proteínas si absorben luz a pesar de no ser coloreados, porque la propiedad de absorber luz es una propiedad de la materia, sin embargo la luz que absorben las proteínas es de 280 nm por lo cual no son coloreados es decir nos e encuentra dentro del rango de luz visible por los seres humanos. Por esto tendríamos que hacer la lectura en el rango de luz ultravioleta, sin embargo este tipo de lectura es algo más complicado que con la lectura de complejos coloreados por lo cual se prefiere trabajar con estos últimos.

53 los ácidos nucleicos también absorben luz y por lo tanto poseen un grado de absorbancia determinado que se encuentra como es obvio en el rango de la luz ultravioleta. Al contrario que las proteínas los ácidos nucleicos no son susceptibles de formar complejos coloreados por procedimientos normales por lo cual deben ser leídos en longitudes de onda ultravioleta.

54 los ácidos de luz ultravioleta. La longitud de onda de máxima absorbancia es de 260 nm.

55 si queremos averiguar la absorbancia de una solución de ácido nucleico  lo haremos no en una cubeta de plástico como normalmente se hace para complejos coloreados sino en una cubeta de cuarzo que no interfiere con la absorbancia del ácido nucleico.

56 sabemos que la capacidad de absorber luz ultravioleta del ADN son las bases nitrogenadas.

57 sabemos que las bases nitrogenadas en el ADNds(es el ADN de doble cadena) se encuentra al interior de la molécula de ADN por lo cual permanecen en cierta forma ocultas por ello decimos que la absorbancia es algo menor en ácidos nucleicos tipo ADN que se encuentran como doble cadena de ADN. Es evidente que el ADNss (ADN de una sola cadena) puede absorber más luz ultravioleta debido a que las bases nitrogenadas estas más expuestas. Por ello decimos que en este último estado del ADN las absorbancia es mayor que la de doble cadenas a una misma longitud de onda(260 nm). Es predecible que una solución de nucleótidos libres tenga aun una mayor absorbancia a una misma longitud de onda que el ADN de una sola cadena. A esta propiedad de los ácidos nucleicos le denominamos hipercromicidad e hipocromicidad.

ORGANIZACIÓN EN EL ADN: LOS GENES EN EUCARIOTAS

58 los genes eucarióticos contienen secuencias codificantes denominadas exones, separadas entre si por secuencias no codificantes denominadas intrones.

59 todos los genes tienen siempre una secuencia inicial denominada promotora que es una secuencia de nucleótidos que regula la expresión de  ese gen.  Por lo tanto la secuencia promotora es una secuencia de ADN que regula la expresión del gen.

60 las regiones que llevan información son los exones y las secuencias de ADN que no llevan información son los intrones.

61 la importancia de los intrones es muy grande ya que gracias a estas regiones se puede logran una amplia versatilidad del gen. Esto quiere decir que un mismo gen puede codificar varios tipos de una proteína de acuerdo a las necesidades del organismo. la explicación de como sucede esto es que debido a los intrones interrumpen la secuencia de ADN codificante estos segmentos pueden logran combinaciones diferentes es decir que en un gen existen varios exones separados por intrones, estos exones que son  secuencias codificantes se pueden combinar de varias formas para constituir la información de una proteína es especifico diferente las proteínas que se pueden formar en base a la combinación de exones diferentes. En conclusión diremos que a partir de un mismo gen se pueden obtener diferentes cadenas poli-peptídicas en consecuencia habrá mayor variedad de proteínas  

62 veremos que la hebra que funciona como plantilla para la transcripción de la información en el ARN es la hebra que comienza en 3 prima y termina en 5 prima. la otra cadena es complementaria y no tiene función en la transcripción.

63 también veremos que el ARN mensajero, que se sintetiza a partir de una plantilla de ADN que empieza en tres prima y termina en cinco prima, empieza a sintetizarse en cinco prima y termina en tres prima por complementariedad de cadenas poli-nucleotidicas.

MODICACIONES DEL TRANSCRITO EN EUCARIOTAS

64 observamos también que la secuencia promotora no se transcribe solamente los exones e intrones correspondientes al gen que se va expresar.

65 las secuencias de ARN con exones e intrones se considera inmaduro, una parte del proceso que no se da en procariotas. se le denomina ARNhn(heterogéneo nuclear)

66 el ARN inmaduro debe sufrir algunas modificaciones para que esté listo en el proceso de la traducción. Para ello sufre la agregación en el extremo 5 prima de la CAP que es un nucleótido modificado llamado 7 METIL-GUANOCINA que como ya dijimos es la caperuza que protege al ARN en su trayecto hacia el citoplasma. También sufre la agregación de la cola de POLI A en el extremo 3 prima.

67 en seguida en ARN en proceso de transformación o preparación para su salida al citoplasma sufre un proceso denominada CORTE Y EMPALME (SPLAYSING) por el cual los intrones son cortados o retirados de la secuencia de nucleótidos y en seguida son empalmados o pegados las secuencias codificantes de exones. Los encargados de realizar este proceso son los ARN pequeño nuclear.

68 después de la agregación de CAP, POLI-A y del retiro de los intrones finalmente se obtiene un ARN maduro con la capacidad de migrar hacia el citoplasma para la traducción.

METABOLISMO DE LOS ACIDOS NUCLEICOS

69 el metabolismo de los ácidos nucleicos puede seguir una vía catabólica y una vía anabólica.

CATABOLISMO

70 las moléculas de ADN endógeno sufren un proceso de catabolismo porque estas moléculas deben ser recambiadas en el transcurso de la vida del organismo. el mismo proceso de catabolismo sufren los ácidos nucleicos de origen endógeno. De este proceso obtenemos unidades denominadas nucleótidos.

71 parte de los nucleótidos producto de la degradación de nacidos nucleicos se van a utilizar en la síntesis de nuevos ácidos nucleicos. La otra parte de los nucleótidos se degradara totalmente de forma que se obtiene un producto de desecho denominado ácido úrico.

ANABOLISMO

72 en la ruta anabólica formaremos nuevos ácidos nucleicos.

73 podemos utilizar los nucleótidos que se obtuvieron como producto de la degradación de ácidos nucleicos para la síntesis de nuevos ácidos nucleicos. Los nucleótidos son utilizados para obtener de ellos las bases nitrogenadas o núcleo-bases, que luego serán utilizadas en la ruta anabólica.

74 el proceso por el cual se utilizan los nucleótidos de la degradación de ácidos nucleicos para sintetizar nuevas moléculas de ácidos nucleicos se le denomina RUTA DE SALVAMENTO

75 en la ruta anabólica de los Ac. Nucleicos también se pueden utilizar a donantes de carbono y nitrógeno para construir los nucleosidos y estos en nucleótidos y estos a su ven en Ac. Nucleicos. Este proceso es denominado SINTESIS DE NOVO.

76 para la síntesis de Ac. Nucleicos podemos utilizar las bases nitrogenadas de origen exógenos debido a la absorción intestinal de estos en la dieta o las bases nitrogenadas de origen endógeno por la degradación de nuestros propios Ac. Nucleicos. En el caso que utilicemos las bases nitrogenadas producto del catabolismo de Ac. Nucleicos ya sean endógenos o exógenos le denominaremos la ruta de salvamento y si utilizamos carbono y nitrógeno para formar bases nitrogenadas le denominaremos ruta de novo. Esta última ruta es la que hacen los organismos para formar sus propias bases nitrogenadas.

REPLICACIÓN DEL ADN

77 la replicación del ADN es el mecanismo por el cual se obtiene una copia a partir de una molécula de ADN.

78 la replicación del ADN es semi-conservativa, cada cadena actúa como molde para la síntesis de una cadena nueva. Comienza con el origen y es bidireccional. la síntesis va en dirección 5 prima a 3 prima y es semi-discontinua. Existen dos hebras: guía y retrasada.

79 cada una de las hebras de una molécula de ADN sirve como molde para la formación de una nueva hebra de ADN.

80 la replicación del ADN comienza en un punto pero también en el punto contrario de la molécula de ADN por ello decimos que es bidireccional. Es lo que se debe entender cuando se dice “burbuja de replicación”

81 la replicación siempre se da de 5 prima a 3 prima en las dos hebras del ADN. Sabemos que una de las hebras tiene dirección de 3 prima a 5 prima por lo cual la replicación no tiene ningún problema ya que la cadena en síntesis es perfectamente complementaria (de 5 prima a 3 prima) por este motivo en esta hebra la síntesis es continua. El problema se da en la hebra que posee dirección de 5 prima a 3 prima porque la cadena complementaria obligadamente tiene que ser de 5 prima a 3 prima lo cual es imposible porque no habría complementariedad en la síntesis de ADN de esta forma. En este último caso la síntesis de la hebra complementaria de 5 prima a 3 prima se da de forma discontinua para salvar esta dificultada.

ADN POLIMERASAS

82 responsables de la síntesis de ADN

83 las ADN polimerasas catalizan las reacciones de adición de desoxiribonucleotidos trifosato(dNTP) complementarios al extremo 3 prima OH de una cadena polinucleotidica. Sabemos que para la formación de ADN se necesitan nucleótidos como elementos constituyentes pero estos al principio durante su agregación por las ADN polimerasas se presentan en forma de desoxiribonucleotidos trisfosfato es decir un nucleótido más dos fosfatos. Este se da así porque la energía contenida en los enlaces de fosfato es necesaria para la agregación de estos nucleótidos a la cadena de ADN en síntesis. Una vez que el nucleótido es agregado los dos fosfatos restantes se pierden en forma de pirofosfato. 

REQUERIMIENTOS DE LAS ADN POLIMERASAS

84 las ADN polimerasas requieren una hebra de ADN como molde

85 requieren una cadena cebadora con un extremo 3 prima OH libre. Esta cadena cebadora es ARN que va ser sintetizada por una enzima llamada primasa. Esta cadena cebadora le sirve a la ADN polimerasa como un soporte para la agregación de los primeros nucleótidos a la cadena en síntesis. La ADN polimerasa necesita de un extremo libre de 3 prima OH lo cual es accesible gracias al cebador. La enzima primasa agrega una pequeña cadena de ARN complementaria a la cadena de ADN molde la cual le permite a la ADN polimerasa agregar nucleótidos a la cadena en síntesis.

86 requiere los cuatro desoxiribonucleotidos trifosfato.

87 también requiere magnesio +2   

88 las ADN polimerasas en procariotas son de cinco tipos de las cuales las más importantes son las polimerasas de ADN I,II,III.

89 la ADN polimerasa más importante en procariotas porque es la encargada de alongar toda la cadena de ADN es la ADN polimerasa III.

90 las ADN polimerasas no solamente tienen la función de replicar el ADN sino también de reparar y corregir cualquier imperfección en la secuencia del ADN.

91 algunas polimerasas como la tipo I pueden reparar el ADN en plena síntesis. Cuando la ADN polimerasa está sintetizando una cadena de ADN(de 5 prima a 3 prima) puede cometer errores por lo cual hace uso de su capacidad reparadora denominada exonucleasa de 3 prima a 5 prima es decir retrocede y en forma inversa repara y vuelve a seguir su trabajo en sentido 5-3 prima.  

92 otras ADN polimerasas con función de exonucleasas de 5 prima a 3 prima reparan cualquier daño en un recorrido que nada tiene que ver con la síntesis. Es decir estas proteínas solo reparan regiones que ya han sido formadas por otras ADN polimerasas, por ello lo hacen en un sentido de 5-3 prima. Esta ADN polimerasa realiza esta función retirando el nucleótido erróneo y sustituyéndolo por el correcto este tipo de intervención se da no por un error de la ADN polimerasa sino debido a mutaciones.

93 la ADN polimerasa tipo I cumple también con la función de eliminar la secuencia de ARN cebador que fue útil al principio de la replicación. 

94 en el caso de las ADN polimerasa de los eucariotas existe una mayor complejidad y variedad.

95 la ADN polimerasa en eucariotas la más importante es la ADN polimerasa delta porque cumple la función de elongar la cadena de nucleótidos.

96 la polimerasa gamma es muy importante en las mitocondrias porque esta encargada de reparar el ADN mitocondrial

ENZIMAS Y PROTEINAS ACCESORIAS DE LA REPLICACIÓN DEL ADN

97 HELICASA: se mueve a lo largo de la cadena de ADN separando las hebras

98 GIRASA: libera el estrés topológico de la estructura del ADN. Corta la 1 primera o segunda hebras produciendo su rotación 

99 PRIMASA: sintetiza los cebadores(  cadenas cortas de ARN)

100 PROTEINAS SSB STRAND( single strand binding): se unen al ADN de cadena simple manteniendo las hebras separadas.

101recordemos que el ADN que se sintetiza por complementariedad en la cadena de 5 prima a 3 prima también lo hace de 5 prima a 3 prima por lo cual se sintetizan por fragmentos que siempre empiezan en la cadena dadre por el lado 3 prima hacia 5 prima  de forma que el ADN en síntesis lo hace normalmente de 5-3 prima. Estos fragmentos en síntesis se denominan fragmentos de okasaki. Que luego se unirán por enzimas llamadas ligasas.

102 la ADN polimerasa en eucariotas encargada de agregar los nucleótidos en las regiones donde se ha eliminado la cadena de ARN cebador son las ADN polimerasas alfa.

ETAPAS DE LA REPLICACIÓN DEL ADN

103 la replicación del ADN posee tres etapas:

-iniciación

-elongación

-terminación

104 el inicio de la replicación en bacterias en uno solo porque su ADN es circular. Este sitio de inicio se denomina ORI C esta replicación se da en la burbuja de replicación del centro hacia la derecha y del centro hacia la izquierda. Es decir es bidireccional.

105 en eucariotas la replicación e un poco más compleja. Sabemos que se dan muchos orígenes de replicación y por lo tanto muchas burbujas de replicación que luego serán los lugares de replicación de los fracmentos de okasaki.

106 si nos centramos en un punto de replicación observaremos que la replicación se da en dos sentidos del origen hacia la izquierda y del origen hacia la derecha de manera que se forma la burbuja.

     

107 no olvidemos en la elongación la ADN polimerasa más importante es la de tipo III en procariotas y la de tipo delta en eucariotas estas empiezan hacer su trabajo una vez que la cadena de ADN se ha separado en sus dos hebras y se encuentra el ARN cebador exponiendo el sitio 3 prima OH.

108 TERMINACIÓN: en eucariotas, los extremos terminales, presentan cientos de copias simples, repetidas TTAGGG los que son replicados por la telomerasa.

109 en procariotas opuesto a OrlC(origen de replicación) se encuentran los sitios Ter(secuencias de nucleótidos terminales o sitios terminales). Reconocidos por la enzima Tus. Bloqueando el avance de la helicasa.

110 la replicación de los extremos del ADN son realizados por enzimas(polimerasas) especiales denominadas telomerasas.  Su función exacta es la de sintetizar ADN en los extremos de la molécula para evitar el acortamiento de la molécula y la consecuente pérdida de información.

111 la telomerasa es una ribonucleoproteina, es decir está formada por ácidos nucleicos de tipo ARN y proteínas.

112 observamos que la telomerasa se ubica en el extremo de la hebra de ADN en síntesis de manera que el lugar en donde se halla la parte ribonucleica de la polimerasa queda justo cerca donde hace falta restituir algunos nucleótidos. Esta disposición de la telomerasa hace posible que ella cree una secuencia de nucleótidos necesarios para completar la hebra de ADN en replicación. La función de la telomerasa es disponerse como un sustento para que se agreguen la secuencia del nucleótidos del telomero es decir de la parte terminal de la molécula de ADN.

113  se ha observado que en ciertas patologías como el cáncer la secuencia de nucleótido del telomero se alarga. Se sabe que las células oncóticas tienen una alta tasa metabólica.

114 se sabe que la longitud de los extremos terminales del ADN se van acortando con los años de vida es decir el telomero se acorta cada vez más y alcanza su tamaño más reducido en la vejez.